灵芝子实体成熟后会弹射大量的孢子，这时要停止往子实体表面喷水，否则会影响孢子粉的采集。用塑料布或纸在菌盖下面铺好，待孢子粉弹射后，收集起来。也可在每个子实体上套上一个纸套，但要注意防止碰伤子实体，过多的碰撞会阻止孢子的弹射。孢子粉收集后，及时干燥过筛，除去杂质，放人干燥瓶中保存。
孢子粉是自然界中真菌繁殖后代的生命体，它可长时间、恶劣干燥环境下，持久地蕴藏生命力，一旦外界条件适宜，孢子粉 落入潮湿、有培养料的环境下，便开始新一轮生命的循环。在灵芝孢子粉的应用方面，主要有两种应用，一是长期品种资源保存和异地种植栽培;二是医学应用，近几年来，医学工作者发现破壁孢子粉有抗癌和辅助放、化疗的作用。
